生豆芽发黑的原因可能有以下几个：
1. 水分过多：豆芽在生长过程中需要适量的水分，但如果水分过多，容易导致豆芽发黑。豆芽受到过多水分的刺激，导致细胞破裂，色素释放，从而导致豆芽变黑。
2. 水质不佳：如果使用污染较重的水来浇水或者发芽过程中使用了含有有害物质的水，可能会导致豆芽发黑。水中的有害物质会破坏豆芽的细胞结构，使其发黑。
3. 温度过高：在发芽过程中，如果温度过高，会导致豆芽发黑。高温会加速豆芽内部的化学反应，导致色素释放，从而使豆芽变黑。
4. 病菌感染：豆芽在生长过程中可能会受到细菌、霉菌等病菌的感染，导致豆芽发黑。病菌会侵蚀豆芽内部的细胞，引起细胞破裂，从而使豆芽变黑。
为了避免豆芽发黑，可以采取以下措施：
1. 控制水分：在发芽过程中，控制适量的水分，避免过多的水分刺激豆芽。
2. 使用优质水源：使用清洁无污染的水来发芽，避免使用含有有害物质的水。
3. 控制温度：保持适宜的温度，避免豆芽在高温环境下发芽。
4. 注意卫生：保持种植容器和工具的卫生，避免细菌和霉菌的感染。
如若豆芽已经发黑，应及时停止食用，以免对身体健康产生不良影响。