一般轻中度肠道菌群失调不会引发呼吸困难，但若病情较重继发其他身体异常，则可能间接导致呼吸困难。
1. 普通的肠道菌群失调仅影响消化道，不会波及呼吸功能。大多数人出现的肠道菌群失调，多是饮食不当、短期服用抗生素这类因素引发的轻中度问题，不适症状基本都集中在消化层面，比如腹胀、排便不规律、轻微腹痛或者消化不良，不会影响呼吸系统和心肺功能，自然不会出现呼吸困难。
2. 严重的肠道菌群失调会通过继发全身病变间接引发呼吸困难。长期严重的菌群失调会破坏肠道屏障，有害菌会通过受损的肠道屏障进入血液循环，引发内毒素血症、全身炎症反应甚至败血症，要是炎症累及肺部或者影响循环稳定，就会出现胸闷、呼吸困难的症状；另外菌群失调引发的剧烈呕吐、腹泻会导致身体脱水、电解质紊乱，影响呼吸肌的正常收缩功能，也会导致呼吸费力、呼吸困难。
3. 特殊人群可能因菌群失调诱发基础病发作，进而出现呼吸困难。本身有过敏性哮喘、免疫紊乱问题的人群，肠道菌群失调会加重身体的免疫失衡，很容易诱发哮喘急性发作，发作时就会出现明显的呼吸困难；另外部分极端严重的菌群失调还会影响身体毒素代谢，毒素累积影响呼吸中枢功能时，也会引发呼吸异常、呼吸困难。