肠道菌群数量减少、多样性下降，主要是饮食供给不足、药物杀伤破坏、内环境改变这三类因素共同导致的。
1. 不当饮食切断了有益菌的生存供给。现在很多人长期吃低膳食纤维的精制加工食品，比如白米白面、奶茶蛋糕、深加工肉类，很少吃全谷、杂豆、带皮果蔬这类高纤维食物，而膳食纤维是大部分有益菌赖以生存的“口粮”，没有足够养分，有益菌就没法繁殖存活，整体菌群的数量就会逐步下降。另外长期节食减肥、挑食偏食，也会因为营养摄入不均衡破坏菌群生存条件，导致菌群减少。
2. 药物或不当操作直接杀灭排出了大量菌群。最常见的就是不规范使用广谱抗生素，抗生素没有靶向识别能力，会同时杀死有害菌和有益菌，一次不规范的大剂量抗生素使用，就能让肠道菌群总量下降大半，甚至需要几个月才能慢慢恢复。除此之外，长期滥用通便药、频繁进行不当清肠排肠毒，也会把肠道定植的菌群大量带出体外，造成菌群减少。
3. 疾病或年龄因素改变了肠道内环境。随着年龄增长，肠道蠕动减慢、肠道黏膜屏障功能退化，肠道内的酸碱度和定植环境发生改变，有益菌的生存空间被挤压，整体菌群数量和多样性会自然下降。如果本身有炎症性肠病、肠易激综合征、糖尿病等疾病，肠道炎症会破坏菌群的定植环境，有害菌过度增殖也会挤压有益菌生存，最终导致整体肠道菌群减少。