胃肠功能紊乱多数情况下后果不严重，但如果长期放任不干预，也可能引发比较严重的健康问题。
1 绝大多数胃肠功能紊乱都属于功能性病变，不会给胃肠道造成不可逆的器质性损伤，带来的影响主要集中在生活质量层面。患者只会反复出现腹胀、嗳气、腹泻或便秘这类不适，发作时影响进食、睡眠和日常工作，只要及时调整情绪、改善饮食习惯，配合对症用药就能很快缓解，不会直接威胁生命健康。
2 长期放任紊乱状态不调整，会慢慢牵连全身健康，因为长期消化吸收功能变差，会逐渐出现营养不良、缺铁性贫血、免疫力下降等问题，本身有高血压、糖尿病等基础病的中老年人，还可能因为营养摄入不足加重原有慢性病。另外长期严重便秘的患者，粪便在肠道停留时间过长，代谢毒素反复刺激肠黏膜，也会增加肠道病变的潜在风险。
3 临床上还有不少严重后果是混淆症状导致的，胃**、结肠**、溃疡性结肠炎这类严重器质性疾病，早期症状和普通胃肠功能紊乱非常相似，如果一直把不舒服当成普通紊乱自行扛着、不做检查明确诊断，很容易延误z佳治疗时机，把早期可以控制的疾病拖成重症。