益生菌主要调理肠道，仅对胃部问题有辅助改善作用，并非主要针对胃部调理。
1. 益生菌发挥作用的核心区域就是肠道，人体胃部的胃酸酸性很强，绝大多数益生菌都无法在胃酸环境下存活，只有少部分耐酸菌株能活着经过胃部，最终大部分活性益生菌都会顺利到达肠道定植，自然主要作用部位就是肠道。
2. 益生菌调理肠道的核心逻辑是平衡肠道菌群，补充有益菌数量，压制有害菌的繁殖，能改善因菌群紊乱引发的腹泻、便秘、腹胀、消化不良等常见肠道问题，也是目前益生菌应用最广泛的方向。
3. 只有少数特定菌株能对胃部起到辅助作用，比如部分罗伊氏乳杆菌、嗜酸乳杆菌能辅助调节胃部菌群环境，辅助改善幽门螺杆菌感染带来的不适，或是缓解轻度的胃部菌群失衡问题，但这类作用都属于辅助，达不到专门调理胃部疾病的效果，也不能替代胃部相关的药物治疗。