目前公认对肠道有保护作用的常用益生菌，主要分为乳杆菌类、双歧杆菌类、产丁酸的芽孢/梭菌类这三大类，不同菌株的特性和作用略有区别。
1、乳杆菌类。这是日常补充最常见的益生菌类别，像大家常听到的嗜酸乳杆菌、鼠李糖乳杆菌LGG、副干酪乳杆菌都属于这一类。这类菌株耐胃酸能力比较强，能更大比例活着到达肠道，还可以在肠道黏膜表面形成保护膜，阻挡有害菌黏附定植，还能调节肠道酸碱度，对改善饮食不当引发的轻微腹泻、便秘都有帮助，很多市售益生菌食品、补剂都会添加这类菌株。
2、双歧杆菌类。它本身就是健康人体肠道内原生的优势益生菌，属于肠道里的“原住民”，常见的有长双歧杆菌、短双歧杆菌、婴儿双歧杆菌这些。它能帮助分解人体没法消化的膳食纤维，产生给肠道供能的短链脂肪酸，还能抑制有害菌繁殖，缓解菌群紊乱带来的腹胀、消化不良，不少针对不同人群肠道调理的益生菌产品都会添加它，不过大部分双歧杆菌对存储温度要求高，一般需要冷藏才能保持活性。
3、酪酸梭菌、凝结芽孢杆菌类。这类属于产丁酸的益生菌，本身带芽孢结构，耐胃酸、耐高温，常温存储也不容易失活，服用后活性能得到很好的保障。它的核心作用是给肠道上皮细胞提供营养，帮助修复受损的肠道黏膜，还能调节肠道蠕动，对于长期抗生素使用导致的菌群失调、慢性肠道不适的调理效果比较不错，也是现在临床常用的益生菌种类。