肠道菌群主要分为三类，分别是有益菌、条件致病菌和有害菌。
1 有益菌：这是维持肠道健康的核心优势菌群，对人体发挥正向作用，常见代表是双歧杆菌、乳杆菌这类。它们不仅能分解食物中的营养物质方便人体吸收、促进肠道蠕动排出代谢废物，还能加固肠道免疫屏障、挤压有害菌的生存空间，健康人体内有益菌占到肠道菌群总量的七成以上。
2 条件致病菌：这类属于肠道里的“机会主义者”，正常状态下会和其他菌群和平共处，部分还能参与肠道基础代谢，常见代表是大肠杆菌、肠球菌等。但如果肠道环境紊乱、有益菌占比大幅下降，这类菌群就会大量繁殖失控，进而引发肠道炎症、腹泻等问题。
3 有害菌：这类菌群本身就会对人体产生明确危害，常见代表有产气荚膜梭菌、金黄色葡萄球菌、变形杆菌等。它们繁殖过程中会产生毒素等有害物质，既会破坏肠道黏膜屏障，也可能进入血液循环引发全身感染，健康人体内有害菌占比很低，一般是不洁饮食、免疫力大幅下降后才会大量增殖。