多种不良生活饮食习惯、精神情绪异常以及肠道感染、药物刺激都会导致胃肠功能紊乱。
1. 饮食相关因素。长期三餐不规律、暴饮暴食或者过度节食，经常吃辛辣生冷、高油高脂的刺激性食物，本身对乳糖、麸质等食物不耐受还频繁食用，都会打乱胃肠道正常的消化蠕动节律，影响消化液分泌，久而久之就会引发功能紊乱。
2. 精神情绪与作息因素。胃肠道的活动受神经和内分泌系统调控，长期处于压力过大、焦虑抑郁、情绪紧张的状态，或者经常熬夜失眠、作息颠倒，都会干扰胃肠的神经调节功能，引发蠕动和消化功能异常，这也是很多年轻人出现功能性胃痛、肠易激综合征的主要诱因。
3. 疾病与外界刺激因素。急性肠道感染痊愈后，部分患者会遗留胃肠神经功能的异常，诱发长期的胃肠功能紊乱；长期服用抗生素、非甾体类抗炎药等对胃肠有刺激性的药物，会破坏肠道菌群平衡、损伤胃肠黏膜，也会引发功能紊乱；此外长期腹部受凉、频繁酗酒等，也会刺激胃肠道引发紊乱。