肠功能紊乱优先选择含有双歧杆菌、乳杆菌、枯草杆菌这三类菌株的益生菌制剂，可根据自身具体症状选对应品类。
1 双歧杆菌类制剂：常见的是双歧杆菌三联活菌胶囊/散，是临床上调理肠功能紊乱很常用的一类。双歧杆菌本身就是健康人肠道里占比更高的原生有益菌，适合绝大多数因为饮食不规律、菌群失衡引发的肠功能紊乱，尤其是经常便秘腹泻交替、长期肚子胀的人群，调节效果比较稳定。
2 乳杆菌类制剂：常见的有嗜酸乳杆菌、罗伊氏乳杆菌相关制剂，比如乳杆菌三联活菌片。这类更适合肠功能紊乱伴随反酸嗳气、乳糖不耐受，或是急性腹泻恢复后肠道菌群还没归位的人群，乳杆菌能分解肠道里的乳糖，还能抑制有害菌繁殖，改善不适的速度相对更快，部分本身伴随私处菌群不稳定的女性肠功能紊乱患者，选这类也更合适。
3 枯草杆菌类制剂：代表就是枯草杆菌二联活菌胶囊/颗粒，这类益生菌耐酸性更好，更容易活着到达肠道发挥作用。适合肠功能紊乱伴随消化不良、没胃口的人群，小孩肠功能紊乱也常用这类，它还能分泌帮助分解食物的消化酶，改善积食、腹胀的效果不错，如果是吃抗生素引发的药物性肠功能紊乱，也可以选这类，只需要注意和抗生素错开2小时吃就行。