肠道菌群失调会导致大便不成形，这是临床中引发长期大便不成形很常见的原因。
1. 正常情况下肠道里的有益菌会帮助人体分解食物、吸收营养，还能维持肠道的正常吸收功能。当菌群失调后有益菌数量大幅减少，有害菌占了上风，很多食物没法被充分消化吸收，未完全分解的食物残渣会拉高肠道渗透压，让肠壁没法正常吸收粪便里的多余水分，粪便就会因为含水量过高变成不成形的软便或者稀便。
2. 有害菌大量繁殖的时候会产生大量毒素和代谢废物，这些物质会持续刺激肠黏膜，让肠道蠕动功能出现紊乱。大多数情况下会让肠道蠕动速度加快，粪便还没在结肠里完成塑形、浓缩的过程就被排出体外，自然就会呈现不成形的状态，不少人还会同时伴随肠鸣、排气增多、小腹坠胀的不适感。
3. 肠道菌群失调引发的大便不成形往往有迹可循，大多出现在长期吃抗生素、长期吃重口刺激食物、节食或者不规律饮食之后，部分人群还会出现便秘腹泻交替的情况，一般通过补充有益菌、调整饮食结构后，大便不成形的情况就能得到明显改善。