菌群调理是通过饮食、生活方式调整或针对性医学干预，调节人体特定部位（以肠道为主）的微生物群落结构，让菌群恢复有益菌占优势的平衡状态，以此改善相关健康问题的干预方式。
1. 核心调理对象并不只有肠道，也覆盖皮肤、女性阴道等有常住菌群的部位，不同部位菌群发挥的作用不同，比如肠道菌群负责辅助消化、调节全身免疫，皮肤菌群负责维护皮肤屏障，所有菌群调理的核心方向都是一致的，就是让有益菌占优势，消除菌群紊乱带来的负面影响。
2. 常见的调理路径分基础调整和针对性干预两类，基础调整是大多数人都适用的入门方式，主要是调整饮食和作息，比如多吃全谷物、新鲜蔬果这类富含膳食纤维的食物给有益菌供能，少吃高糖高油、酒精类会促有害菌繁殖的食物，同时不滥用抗生素、保持规律作息，避免破坏菌群原有平衡；针对性干预则是针对已经出现明显紊乱的情况，比如口服益生菌、益生元制剂，严重的顽固性菌群失衡还会在临床使用粪菌移植等特殊手段。
3. 菌群调理主要用来改善菌群失衡引发的各类不适，最常见的就是改善肠道问题，比如长期便秘、反复腹泻、饭后腹胀消化不良都可以通过调理菌群缓解，目前也有研究发现，菌群平衡和免疫力、代谢水平甚至情绪状态相关，除此之外，皮肤菌群调理能改善敏感肌屏障受损泛红，阴道菌群调理能改善私处炎症反复的问题。