长期肠道菌群失调是比较严重的健康问题，会逐步累及多个身体系统，不及时干预会带来很多不可逆的健康损伤。
1 首先会直接持续破坏肠道本身的健康，一开始菌群失调大多只是偶尔腹胀、排便不规律这类小症状，很多人不当回事，拖成长期失调后，有害菌会持续繁殖侵蚀肠黏膜，不仅会让便秘、腹泻、腹痛这类问题反反复复，还会大大增加肠易激综合征、炎症性肠病的发病风险，甚至已有研究证实长期菌群紊乱和肠道息肉、肠道**的发生发展相关。
2 其次会连累肠道外多系统的健康，肠道是人体z大的免疫器官，70%左右的免疫细胞都分布在肠道，长期菌群失调会直接导致免疫力下降，让人更容易反复感冒、犯过敏性疾病；而且通过“肠脑轴”还会影响情绪和神经状态，会加重焦虑、抑郁情绪，还会干扰睡眠质量；同时还会影响糖脂代谢，增加肥胖、脂肪肝、2型糖尿病这类代谢疾病的发病概率。
3 最后长期失调会形成难以纠正的恶性循环，短期的轻度菌群失调，只要调整饮食作息就能自行恢复，哪怕干预也很容易见效，但长期失调已经改变了肠道内环境，有害菌已经占据生存优势，会不断挤压有益菌的生存空间，后续哪怕规范补充益生菌、调整生活方式，也很难快速重建健康的菌群平衡，不仅调整周期长、花费高，长期的身体不适还会拉低生活质量，情绪不佳又会反过来加重菌群失调，陷入越拖越重的死循环。