绝大多数病理检查发现的胃窦黏膜萎缩就是萎缩性胃炎，仅少数特殊情况不属于需要临床干预的病理性萎缩性胃炎。
1. 从临床诊断标准来看，萎缩性胃炎的核心判定依据就是胃黏膜固有腺体发生萎缩，而胃窦本身就是萎缩性胃炎发的起始部位，临床上大部分萎缩性胃炎都是仅累及胃窦的局灶性萎缩性胃炎，只要病理报告明确提示胃窦黏膜存在固有腺体萎缩，基本就可以确诊萎缩性胃炎。
2. 要警惕炎症导致的假性萎缩情况，如果检查时胃窦正处于急性炎症活动期，大量炎症细胞浸润、黏膜组织水肿会挤压原本正常的腺体，病理观察时很容易误判为腺体萎缩，这种属于一过性的假性萎缩，等炎症消退后复查大多会恢复正常，并不算真正的萎缩性胃炎。
3. 还要区分生理性老化和病理性病变，部分高龄人群会出现轻度的胃窦黏膜萎缩，这是胃黏膜自然老化带来的生理性改变，一般不会伴随肠上皮化生、不典型增生这些**前病变相关的异常改变，和需要长期随访干预的病理性萎缩性胃炎有本质区别。