合理适度的意念排便没有明显坏处，过度、不当的意念排便会带来多种健康危害。
1. 打乱肠道正常排便节律。排便本身是人体自然形成的神经条件反射，依靠肠道蠕动和盆底肌的协调配合完成，长期过度用意念强迫排便，会打乱原本的反射节律，还容易造成盆底肌持续紧张痉挛，反而会加重排便困难，长期下来可能诱发盆底肌功能紊乱。
2. 诱发肛肠及心脑血管问题。多数人用意念排便时会不自觉憋气、绷紧腹部发力，这会持续升高腹压，容易诱发痔疮、肛裂，本身有肛肠脱垂问题的人还会加重症状；对于本身患有高血压、冠心病的中老年人来说，腹压升高加憋气，还可能导致血压骤升，增加心脑血管意外的发作风险。
3. 加重心理负担形成恶性循环。长期刻意依赖意念排便，会让人对排便这件事过度关注焦虑，一进入排便状态就下意识紧张，反而会抑制便意、影响正常排便，进而陷入越想排越排不出来的恶性循环，会进一步加重功能性便秘的问题。