判断过敏性肠炎需要结合过敏背景、临床症状、医学检查三方面综合判断，无法仅通过单一症状确诊。
1，核对发病背景与诱因。大部分过敏性肠炎患者本身是过敏体质，既往可能有过敏性鼻炎、特应性皮炎、食物过敏等病史；症状发作通常有明确的诱因，基本都是接触特定过敏原（最常见的是牛奶、海鲜、坚果等致敏食物，少数也可能是吸入花粉、尘螨诱发）后数小时内发病，停用或避开过敏原后，轻度症状几天内就能自行缓解，这个特征是很重要的判断线索。
2，对照典型症状区分。过敏性肠炎的核心症状是肠胃不适，主要表现为发作性的腹痛、腹泻，大便多带黏液，一般不会有脓血，也很少出现发烧的情况（这点能和细菌感染引起的普通肠炎区分开）；不少患者还会同时伴随肠外过敏症状，比如皮肤出红疹瘙痒、口唇肿胀、打喷嚏鼻塞，严重一点的可能还有心慌胸闷的表现。
3，结合医学检查排除确诊。过敏性肠炎没有专属的特异性检查，需要通过检查排除其他肠道疾病后才能确诊：首先做大便常规，一般不会查到致病菌、寄生虫，可排除感染性肠炎；其次可以做过敏原检测，比如皮肤点刺试验、血清特异性IgE检测，帮助明确致敏原；必要时做肠镜检查，过敏性肠炎的肠黏膜大多没有明显的溃疡、糜烂等器质性病变，可以排除炎症性肠病、肠**、肠息肉等问题，结合前面的病史和症状就能确诊。