放屁臭主要是饮食不当、消化功能异常、肠道环境改变这三类原因造成的，仅少数情况和严重肠道器质性病变有关。
1. 饮食结构不合理。日常如果吃了太多高蛋白、高脂肪以及富含硫化物的食物，比如红肉、油炸食品、鸡蛋、豆制品、洋葱、大蒜这类，这些食物进入肠道后，被细菌分解会产生大量吲哚、硫化氢、粪臭素这类带强烈异味的代谢产物，就会导致放屁明显发臭。要是吃了变质、不干净的食物，还会引发食物异常发酵，臭味会更重。
2. 消化功能不足。当存在胃动力下降、功能性消化不良，或是短期内饮食不节制吃撑了的时候，吃进去的食物没法及时被消化排空，会长时间滞留在胃肠道里，被肠道细菌过度分解发酵，产生比正常量多很多的异味气体，自然就会放屁臭。很多人吃完大鱼大肉撑到之后放屁变臭，就是这个原因。
3. 肠道环境异常。健康的肠道里有益菌和有害菌维持着动态平衡，如果经常熬夜、滥用抗生素、长期饮食不规律，很容易打破这个平衡，有害菌过度繁殖后，会分解食物产生更多带臭味的代谢产物，导致放屁持续发臭。少数情况下，慢性肠道炎症、肠道**等器质性病变会改变肠道消化环境，也会引发放屁臭，这类情况大多还会伴随腹痛、排便习惯改变、便血等异常症状。