调节肠道菌群的核心原则是，健康人群优先通过饮食和生活习惯调整维持平衡，存在病理性菌群紊乱的必须遵医嘱干预，不建议普通人盲目跟风吃网红益生菌类产品。
1调整饮食结构，给有益菌提供合适的“养料”。日常少吃高油高糖高盐的加工食物，这类食物会助长有害菌繁殖；多吃全谷物、杂豆、带皮果蔬这类富含膳食纤维的食物，同时可以每天适当吃点不加糖的发酵食物，比如无糖酸奶、纳豆、发酵泡菜，帮身体补充天然有益菌。
2改掉会打乱菌群平衡的坏习惯。不要自行随意服用抗生素，抗生素不分好坏杀菌，很容易造成不可逆的菌群失衡；不要长期熬夜、经常憋便，这些行为会打乱肠道的生理节律，破坏菌群稳定的生存环境；还要避免长期久坐、长期压力过大，这两种状态也会改变肠道内环境，不利于有益菌存活。
3合理补充，不盲目依赖补剂。如果调整生活习惯后，还是长期存在便秘、胀气等消化不适，可以在医生指导下选择有明确菌株编号标注、活菌量达标的益生菌制剂补充，不要长期连续服用，避免肠道自身生成有益菌的能力下降；要是患有炎症性肠病、肠易激综合征等肠道疾病，必须先遵医嘱规范治疗，不能靠吃益生菌自行调节。