银杏发臭是雌株银杏结的种子，其肉质外种皮中含有的丁酸、己酸等挥发性酸性物质散发的气味，这是银杏长期进化形成的繁殖特性，不是病害或污染导致的。
1，臭味的来源确实是种子不是植株其他部分。银杏本身的叶片、枝干都没有特殊异味，我们闻到的臭味，全部来自成熟后脱落的银杏种子。银杏种子最外层包裹着一层软乎乎的肉质外种皮，这层组织代谢过程中会生成丁酸、己酸这类物质，它们的气味本身就是类似酸败腐臭的味道，而且挥发性极强，少量就能扩散很大范围。
2，这种臭味是银杏亿万年进化出的生存优势。银杏要繁衍后代，就得把种子传播到远离母株的地方，避免和母株抢阳光养分，这种特殊的臭味对人类来说很难闻，但对乌鸦、松鼠等偏好腐食的动物来说就是觅食信号，这些动物会被臭味吸引过来，取食多汁的外种皮，而后将坚硬带种仁的种子带到其他地方丢弃、排泄，无形中帮银杏完成了种子传播，扩大了种群的分布范围。
3，城市里经常能闻到银杏臭味是绿化栽种的特点导致。目前城市行道树、景观树确实大多栽种不结种子的雄银杏，但也有不少树龄较大的雌株银杏混种在景观带里，进入秋季雌株大量落种，外种皮被行人踩破、被雨水浸泡后，里面的臭味物质会大量挥发出来，所以才会出现整段路都弥漫着银杏臭味的情况。