多宝鱼的鳞片已经退化，细小且埋藏在皮下，不需要像普通鱼类那样专门刮除鳞片，只需要清理表皮黏液、鱼鳃和内脏即可完成清洁处理。
1. 清理表皮黏液：把多宝鱼平放在案板上，抓一大把粗盐均匀抹满鱼身正反，反复揉搓2-3分钟，粗盐的颗粒摩擦力可以带走表层的黑膜、黏液以及皮下退化的细小残鳞，揉搓完用流动清水把鱼身冲干净就可以，怕清理不干净也可以用刀背反向轻刮一遍鱼身，不用用力就能带走脏污。
2. 清理鱼鳃：找到多宝鱼头部两侧扇形鳃盖的缝隙，用剪刀把鳃盖剪开一点，顺着根部把两侧的鱼鳃完整剪下来，鱼鳃吸附杂质和细菌，一定要全部清理干净不要残留。
3. 清理内脏：在多宝鱼腹部靠近头部的位置找到天然开口，用剪刀从开口处向下剪开1-2厘米，把腹腔内的所有内脏、淤血还有贴在骨头上的黑膜全部掏出来，之后用流动清水把腹腔反复冲洗干净，整个清洁过程就完成了。