肠道菌群的水平分类包括门级水平（Phylum）、属级水平（Genus）等。
在门级水平上，肠道菌群常见的门包括：厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）等。
在属级水平上，肠道菌群的常见属包括：双歧杆菌属（Bifidobacterium）、乳酸菌属（Lactobacillus）、大肠杆菌属（Escherichia）、产气荚膜梭菌属（Clostridium perfringens）等。
肠道菌群的分类还涉及到更细致的分类级别，如种级水平（Species），亚种级水平（Subspecies）等。不同的分类级别在菌群的研究中具有不同的意义和应用。