益生菌一般使用以下原料来进行发酵：
1. 牛乳或乳制品：常见的益生菌如乳酸菌、双歧杆菌等可以使用牛奶、酸奶等乳制品作为发酵原料。
2. 大豆：大豆中含有丰富的植物性蛋白质和碳水化合物，可以用于益生菌的发酵。
3. 水果：一些益生菌也可以使用水果作为发酵原料，如酸奶中的乳酸菌可以使用柠檬、蓝莓等水果进行发酵。
4. 蔬菜：一些益生菌也可以使用蔬菜作为发酵原料，如泡菜中的乳酸菌可以使用辣椒、白菜等进行发酵。
5. 面粉：酵母菌是一种常见的益生菌，可以使用面粉作为发酵原料。
除了以上原料，还有其他一些特定的原料可以用于益生菌的发酵，具体的原料选择取决于所使用的菌种和发酵产品的需要。