保藏菌种时间最长的方法包括以下几种：
1. 冷冻保藏法：将菌种培养物加入一定浓度的保护剂（如甘露醇、DMSO等），然后快速冷冻至零下80摄氏度或更低的温度，存放在液氮罐中。这种方法能够有效地防止菌种的生物活性丧失，可以保存数年甚至更长时间。
2. 干燥保藏法：将菌种培养物均匀涂布于无菌的滤纸或脱脂纸上，放置于无菌的干燥器中，通过冷空气或真空干燥的方式将菌种完全干燥。然后将干燥菌种贮存在无菌密封的容器中，存放于低湿环境下。这种方法也可以保存相当长的时间。
3. 冻干保藏法：将菌种先冷冻至零下80摄氏度或更低的温度，然后在真空环境下进行冻干处理，将冻干的菌种存放在无菌密封的容器中。这种方法能够保留菌种的生物活性和长期保存。
4. 长期培养法：将菌种定期转移到新的培养基上进行继代培养，以保持菌种的活力和新鲜度。这种方法需要定期维护，但可以确保菌种的长期存活。
需要根据具体情况选择适合的保藏方法，并注意保持菌种的无菌和干燥环境，以确保菌种的最长时间保存。