主要生化菌种有以下几种：
1. 好氧菌：好氧菌是指在有氧条件下进行代谢活动的微生物。主要代表为需氧菌和好氧呼吸菌。需氧菌能够利用污水中的有机物质和氧气进行生长和代谢，从而将有机物质降解为无机物质。好氧呼吸菌通过氧化有机物质和氧气产生能量，并将有机物质降解为二氧化碳和水。
2. 嫌氧菌：嫌氧菌是指在缺氧或微氧条件下进行代谢活动的微生物。主要代表为厌氧消化菌和厌氧呼吸菌。厌氧消化菌能够利用有机物质进行生长和代谢，将有机物质转化为甲烷和二氧化碳等产物。厌氧呼吸菌通过在缺氧条件下进行呼吸作用，将有机物质降解为二氧化碳和水。
以上是污水处理主要生化菌种的几个代表，具体的菌种种类还受到不同环境和处理工艺的影响。