治疗便秘的益生菌菌种包括：
1. 双歧杆菌（Bifidobacterium）：双歧杆菌是肠道中常见的益生菌之一，可以促进肠道蠕动，增加粪便体积，缓解便秘。
2. 鼠李糖乳杆菌（Lactobacillus rhamnosus）：鼠李糖乳杆菌可以增加肠道水分含量，改善便秘症状。
3. 乳酸菌（Lactobacillus）：乳酸菌可以帮助改善肠道菌群平衡，促进肠道蠕动，缓解便秘。
4. 枝梅芽孢杆菌（Bacillus subtilis）：枝梅芽孢杆菌具有抗菌作用，可以抑制有害菌的生长，改善便秘。
这些益生菌菌种都可以通过饮食或益生菌产品的摄入来补充，但具体使用哪种益生菌菌种最适合个体需要需要咨询医生或营养师的建议。