吃完益生菌后出现隐隐的疼痛可能有以下几种原因：
1. 身体对益生菌的反应：有些人在初次服用益生菌时可能会出现肚子不适或轻微的疼痛。益生菌在肠道中增殖时会产生气体或对肠道产生轻微的刺激，引起消化系统的不适。
2. 过敏反应：个别人对益生菌中的某些成分可能存在过敏反应，导致肚子疼痛。过敏反应可能伴随其他症状，如皮肤发红、发痒、呼吸困难等。如果出现这些症状，建议停止使用益生菌并咨询医生。
3. 个体差异：每个人的肠道菌群和肠道健康状况不同，对益生菌的反应也会有所不同。有些人可能会对益生菌过度反应，出现肚子疼痛。在这种情况下，可能需要减少剂量或选择其他种类的益生菌。
如果疼痛持续或加重，建议及时咨询医生，了解具体原因并得到相应的治疗建议。