皮蛋是经过一系列特殊处理制成的。鸭蛋或鸡蛋要用皮壳、石灰、盐等材料包裹起来，形成了一层灰白色的外膜，再静置一段时间，期间水分会逐渐被蛋吸收，蛋液也会逐渐浓缩。然后，将外膜拆掉，将浓缩后的蛋液用茶叶水和其他调料浸泡发酵，最后就变成了皮蛋。
这个过程背后的原理是，石灰和盐的作用使蛋壳变得更加硬化，防止细菌进入蛋内并促进蛋液浓缩。茶叶水和其他调料中的酵母菌和细菌进入蛋内，通过发酵作用，使蛋液中的蛋白质和脂肪分解，同时也会产生一些有特殊香味的化合物。经过一段时间的发酵，蛋液会逐渐变成类似凝固的状态，形成了皮蛋。