豆芽发黑的原因可能有以下几种：
1. 水质不佳：豆芽在生长过程中需要大量的水，如果水质不好，豆芽容易受到污染，导致豆芽表面出现黑斑。
2. 温度过高或过低：豆芽生长需要适宜的温度，如果温度过高或过低，会导致豆芽变黑。
3. 缺氧：豆芽在生长过程中需要充足的氧气，如果缺氧会导致豆芽变黑。
4. 细菌感染：如果豆芽在生长过程中受到细菌感染，就会导致豆芽变黑。
5. 光照不足：豆芽需要光照才能进行光合作用，如果光照不足，就会导致豆芽变黑。
6. 病虫害：豆芽生长过程中容易受到病虫害的侵袭，如果不及时处理，就会导致豆芽变黑。
针对以上问题，可以采取以下措施：
1. 使用优质的水源。
2. 控制好温度，避免过高或过低。
3. 采用透气性好的容器，保持充足的通风。
4. 保持豆芽生长环境清洁卫生，避免细菌感染。
5. 提供足够的光照。
6. 注意预防和治疗病虫害。