胃肠道菌群失调，优先选择菌株合规的药用益生菌，常用的适合的产品主要为双歧杆菌复方制剂、枯草杆菌/地衣芽孢杆菌制剂、布拉氏酵母菌这几类，可根据自身情况选择。
1、双歧杆菌三联/四联活菌制剂：这类补充的是原本就定植在人体肠道内的原籍有益菌，能直接补足肠道缺失的优势菌群，对便秘、腹泻、腹胀这类慢性长期的菌群失调问题，调节效果比较稳定，适合需要长期调理的人群。需要注意这类活菌多数需要放在冰箱2-8℃冷藏保存，一定要按要求存放才能保证活菌活性。
2、枯草杆菌二联活菌/地衣芽孢杆菌活菌制剂：这类属于常用的入门级益生菌，进入肠道后会快速消耗肠道多余氧气，创造出适合原生有益菌生长的厌氧环境，间接抑制有害菌繁殖。而且这类产品大多不需要低温冷藏，外出携带很方便，更适合急性腹泻、轻度肠胃紊乱，或者普通人群短期调节肠道菌群使用。
3、布拉氏酵母菌：这是比较特殊的真菌类益生菌，普通抗生素不会杀死它，因此特别适合服用抗生素期间出现的继发性菌群失调、抗生素相关性腹泻。除此之外，它对病毒感染引起的急性腹泻，以及乳糖不耐受伴随的肠道菌群紊乱也有不错的调理效果，成人和儿童都有对应的合规剂型可以选择。