引发胃肠不适的原因多种多样，常见诱因主要包含饮食生活影响、胃肠原发疾病、其他外界或全身因素这三大类。
1. 饮食与生活习惯刺激
这是日常生活中引发胃肠不适最常见的原因，比如吃了过冷、过辣、变质不干净的食物，或是长期暴饮暴食、饥饱不均，平时经常熬夜、长期精神压力大、烟酒刺激等，都会直接损伤胃肠黏膜，打乱胃肠正常的消化蠕动节奏，进而引发腹胀、腹痛、腹泻、反酸等不适症状。
2. 胃肠本身的疾病病变
如果经常反复出现胃肠不适，大多和胃肠原发疾病有关，比如急慢性胃炎、胃溃疡、功能性消化不良、肠易激综合征、急慢性肠炎、肠道息肉，甚至胃肠道**等，这类问题本身就存在胃肠黏膜损伤或是功能异常，哪怕是正常饮食也可能出现不适反应。
3. 外界影响或其他系统牵连
比如换季时不注意腹部保暖，受凉后很容易引发胃肠痉挛，出现绞痛、腹泻；很多人吃抗生素、非甾体类退烧药这些药物，也会刺激胃肠黏膜引发不适；另外甲状腺功能异常、糖尿病、慢性肾病等全身其他系统的疾病，也会影响胃肠消化功能，诱发不适症状。