肠炎患者适合吃含双歧杆菌、乳杆菌、枯草杆菌、酪酸梭菌、地衣芽孢杆菌这类菌株的医用益生菌，临床常用的有双歧杆菌三联/四联活菌片、枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊、酪酸梭菌活菌片、地衣芽孢杆菌活菌胶囊。
1. 普通肠炎（比如饮食刺激引发的急性肠炎、感染性肠炎恢复期）优先选双歧杆菌复方制剂，这类制剂同时包含多种人体原籍有益菌，可以快速填补炎症后肠道的菌群空位，抑制有害菌繁殖，尽快缓解腹泻、腹痛、腹胀这类不适症状。
2. 慢性炎症性肠炎（如溃疡性结肠炎、克罗恩病）更推荐枯草杆菌二联活菌、酪酸梭菌活菌这类制剂，这类菌株不仅能调整菌群平衡，还能帮助调节肠道炎症反应、修复受损的肠道黏膜，而且多数是肠溶剂型，能避开胃酸破坏，到达肠道的活菌更多，作用更稳定。
3. 服用益生菌也要注意细节：如果正在吃抗生素治疗细菌性肠炎，一定要和益生菌间隔2小时以上服用，避免抗生素杀死益生菌活性；需要冷藏保存的活菌制剂不要放在常温下久放，失效后起不到作用；益生菌只是肠炎治疗的辅助用药，如果急性期症状严重，一定要先配合抗炎、补液等对症治疗，不要只靠益生菌缓解症状。