消化不良绝大多数是不良饮食习惯、胃肠动力异常、基础消化疾病或精神状态影响这几类因素导致的，其中功能性消化不良占多数，和日常行为习惯关联度更高。
1 不良饮食习惯是最常见的诱因。平时经常暴饮暴食、吃饭狼吞虎咽没充分咀嚼，或是长期吃高油高脂、辛辣刺激、容易产气的食物，三餐不规律饿饱不均，都会加重肠胃负担，打乱肠胃正常的消化节律，引发消化不良，很多人一次吃太多火锅烧烤之后出现不适，就是这个原因。
2 肠胃本身功能异常也会引发消化不良。比如年龄增长导致肠胃自然蠕动减慢，或是长期久坐不动缺乏运动，肠胃动力不足没法及时推进食物消化；还有长期乱吃药、饮食不均衡导致肠道菌群紊乱，分解吸收食物的能力下降，都会出现消化不良的症状。
3 疾病影响和精神因素也不容忽视。本身有胃炎、胃溃疡、幽门螺杆菌感染、胆囊炎、胰腺炎这类消化系统基础病，会直接损伤消化器官功能，导致消化能力下降，引发反复的消化不良。另外长期压力过大、焦虑抑郁、睡眠不足，会扰乱控制肠胃的植物神经功能，也会诱发功能性消化不良，这是现在很多年轻人反复消化不良的常见隐形原因。