肠道不是无菌的，健康人体的肠道内一直存在数量庞大、种类丰富的微生物群落。
1. 正常生理状态下，成年人肠道内的微生物总重量能达到1-2公斤，数量比人体自身的细胞总数还要多，包含细菌、真菌、古菌、病毒等多种类型，其中绝大多数是和人体共生的有益或中性微生物，只会在菌群紊乱时，才会有少数条件致病菌引发健康问题。
2. 哪怕是刚出生的婴儿也不会长期保持肠道无菌，胎儿离开母体娩出的过程中，以及后续接触母乳、外界环境时，短短几个小时就会有微生物开始在肠道定植，一周左右就能形成初步的菌群结构，只有实验室培育的特殊无菌实验动物才能做到肠道完全无菌，自然状态下的人类不可能出现肠道无菌的情况。
3. 肠道内的正常微生物群落在人体代谢、免疫调节中发挥着不可替代的作用，它们能分解人体无法直接消化的膳食纤维，合成B族维生素、维生素K等人体必需的营养物质，还能阻挡有害病原菌在肠道扎根，帮助训练免疫系统维持正常功能，肠道菌群失衡反而才会引发消化不良、炎症、代谢异常等多种健康问题。