不同类型、不同严重程度的感染都会改变肠道菌群的原有稳态，多数情况下会造成菌群多样性下降、有害菌占比升高，严重感染或反复感染后还可能留下长期的菌群结构异常，仅少数轻度一过性感染能在短期内恢复至原有状态。
1. 急性感染会直接或间接破坏原有菌群结构。不管是诺如病毒、沙门氏菌这类肠道原发感染，还是肺炎、泌尿系统感染这类肠外感染，都会扰乱肠道的内环境：肠道感染中病原体直接入侵肠道定植，会通过养分竞争、毒性物质杀伤等方式淘汰大量原籍有益菌，短时间内让致病菌占据优势；肠外感染引发的全身炎症反应，会改变肠道的酸碱度、氧分压和黏液分泌状态，原本占优势的厌氧有益菌难以存活，兼性厌氧的有害菌则会趁机大量繁殖，最终快速拉低肠道菌群的整体多样性。
2. 严重感染会留下长期的菌群失调后遗症。多数人感染消退、症状消失后，肠道菌群就能逐步恢复，但如果感染程度较重，原本肠道中的核心有益菌（比如 Akk菌、双歧杆菌、粪杆菌这类对维持稳态至关重要的菌种）可能***失去定植优势，难以自行恢复到原有丰度，有害致病菌反而会长期占据肠道生态位，形成持续的低丰度、结构紊乱的菌群状态。这种长期失调不仅会引发反复的腹胀、便秘或腹泻，还会升高后续患炎症性肠病、肠易激综合征甚至肥胖、糖尿病等代谢疾病的风险。
3. 感染对肠道菌群的影响程度存在明显个体差异。本身免疫力正常、感染程度轻的人群，通常1~2个月就能让肠道菌群恢复到感染前的状态；但免疫功能低下、本身就有基础肠道疾病、反复发生感染的人群，菌群紊乱往往会持续数年甚至终身。如果感染治疗过程中使用了广谱抗生素，相当于给了肠道菌群双重打击，对菌群多样性的破坏程度会远大于感染本身，但若能在感染后及时通过饮食调整、益生菌补充等方式干预，也能大幅缩短菌群恢复的时间。