肠道功能紊乱主要和饮食生活习惯、情绪心理状态、肠道内环境改变以及疾病药物刺激这些因素直接相关。
1. 日常饮食生活习惯的影响。很多人长期三餐不规律，要么饥一顿饱一顿，要么顿顿吃高油高辣、生冷刺激的食物，或是日常膳食纤维摄入太少、长期久坐不动、经常熬夜熬到凌晨，这些行为都会慢慢打乱肠道原本的收缩、蠕动节奏，时间久了就会引发肠道功能失调。
2. 情绪心理状态的影响。肠道被称为人体的“第二大脑”，和中枢神经通过脑肠轴连接，情绪变化会直接影响肠道功能。如果长期处于高压、焦虑、抑郁、紧张的状态，会持续干扰肠道神经的调节，不光会临时引发腹泻、便秘，长期下来就会发展成慢性的肠道功能紊乱。
3. 肠道内环境破坏与疾病药物影响。不少人在急性肠胃炎痊愈后，没有及时调理肠道，原本平衡的菌群环境没有恢复；或是长期服用抗生素、部分降糖药、抑酸药这类药物，会误杀肠道有益菌，造成菌群失调；甲状腺疾病、糖尿病、胃肠道基础病变这类问题，也会影响肠道的正常功能，诱发功能紊乱。