豆芽长毛根是生长环境调控不当或病菌侵染引发的异常生长问题。
1. 湿度过高导致缺氧催根。不少人发豆芽时怕缺水，频繁淋水又没做好容器排水，导致豆芽根部长期泡在积水里，正常呼吸受阻碍，就会刺激长出大量细毛根来获取更多氧气，而且长期高湿还会加速杂菌繁殖，进一步加重长毛根的情况。
2. 温度不适造成生长紊乱。发豆芽最适宜的温度在20-25℃之间，如果环境温度长期超过30℃，豆芽呼吸作用过旺、生长速度过快，很容易催生大量毛根；如果温度低于15℃，豆芽主根的生长活性被抑制，也会分化出大量细弱的毛根。
3. 密度过大或带菌引发异常。家庭发豆芽时很多人会放过多豆子，豆子间距太小互相挤压，整体透气性差，根部得不到足够氧气，就会自发长出更多毛根扩大吸收面积来适应环境；要是选的种子本身带破损带病菌，或是发豆芽的容器没提前消毒，杂菌侵染根部后，也会导致豆芽长出异常毛根，严重时还会发霉发臭。