胆汁反流和肠道存在明确关系，肠道功能、结构异常是诱发胆汁反流的常见原因。
1. 正常生理状态下，胆汁从胆管排出后会进入十二指肠，顺着肠道蠕动方向向下走行到小肠参与消化。如果出现小肠蠕动紊乱，比如逆蠕动增多，就会把进入十二指肠的胆汁反向推过幽门，最终进入胃内引发胆汁反流，很多长期便秘、肠易激综合征患者更容易出现胆汁反流，核心就是肠道蠕动状态异常。
2. 肠道菌群失调也会增加胆汁反流的发病概率。肠道菌群紊乱后，一方面会影响肠道正常的收缩节律，破坏胃、幽门、十二指肠之间的协调运动功能；另一方面有害菌会过量分解胆汁酸，改变胆汁的正常成分，进一步刺激胃肠黏膜，增加反流发生的可能性。
3. 肠道的梗阻性病变会直接诱发胆汁反流。如果肠道存在**堵塞、术后粘连梗阻、严重粪块嵌顿等问题，会导致肠腔内压力升高，十二指肠以及小肠内部的压力会高于胃部，胆汁没法正常向下走行，就会顺着压力差反流进入胃内。