慢性腹泻大多不会自愈，仅极少数轻症功能性慢性腹泻在去除诱因后有可能自行恢复，绝大多数都需要规范干预才能好转。
1、慢性腹泻的病因大多是持续性的病理性改变，没法自行消除。比如炎症性肠病、肠结核、慢性胆囊炎、慢性胰腺炎、甲状腺功能亢进、糖尿病肠病，甚至肠道**等器质性疾病引发的慢性腹泻，原发病得不到治疗，腹泻症状就会持续存在甚至逐渐加重，不可能自己消失。
2、仅有的少数可能自愈的情况，也有严格的前提条件。只有因短期连续饮食不当、情绪应激、作息紊乱引发的功能性肠紊乱，导致腹泻病程刚好达到慢性腹泻的诊断标准，并且患者可以自行调整好饮食、情绪和作息，完全去除诱因后，腹泻才有可能慢慢自行缓解，这种情况在临床中非常少见。
3、盲目等着自愈反而会耽误病情。慢性腹泻长期存在不仅会慢慢造成身体脱水、电解质紊乱、免疫力下降、营养不良，还会掩盖肠**、炎症性肠病等严重疾病的症状，拖到病情加重再干预，整体预后会差很多，所以出现持续两周以上的腹泻就应该及时就医明确病因，不要硬等自愈。