自发豆芽发臭是豆芽生长过程中被杂菌污染发生了腐坏变质，几乎都是日常操作不当导致的。
1. 前期选豆和容器消毒没做好。很多人发豆芽的时候不会提前挑拣豆子，混在好豆里的坏豆、瘪豆本身已经携带大量杂菌，泡发的时候一吸水就先腐坏；如果装豆子的容器没洗干净甚至没做消毒，容器壁带的油污、杂菌也会在湿润环境里快速繁殖，慢慢就会带出臭味。
2. 沥水不当闷住了豆芽根部。发豆芽需要每天淋水保湿，但容器底部必须留够沥水的空隙，如果沥水孔堵了、底部积攒了不少泡豆子的积水，豆芽根系一直泡在死水里不透气，厌氧杂菌就会快速滋生，不出两三天豆芽根就烂了，整个容器都会飘出臭味。还有不少人好几天忘记淋水翻豆，豆子捂在密不透风的容器里，也很容易闷坏发臭。
3. 催芽环境温度过高。适合豆芽生长的温度一般在20-25度左右，如果为了催芽把豆芽放在温度超过30度的地方，比如夏天放在密闭阳台、冬天贴暖气放，高温高湿的环境下，有害菌的繁殖速度会远远快于豆芽生长速度，用不了多久整盆豆芽就会腐坏发臭。