肠道菌群所谓的“叛变”，本质就是原本和人体共生的肠道菌群平衡被打破，有害菌取代有益菌成为优势菌群，转而损害人体健康，这几乎都是后天不良的生活习惯和环境因素诱发的。
1. 长期错误饮食喂大了坏菌。现在多数人日常饮食都是高油高糖高盐的精加工食品，全谷物、新鲜蔬果这些富含膳食纤维的食物占比极低。膳食纤维是双歧杆菌、乳酸菌这类有益菌的“主要口粮”，长期摄入不足，有益菌活不好、繁殖不动，占不住肠道里的地盘。反过来，变形杆菌、产气荚膜梭菌这类有害菌恰恰爱吃高油高糖的食物，吃得多就疯狂繁殖，慢慢就抢了有益菌的生存位置，开始在肠道里搞破坏。
2. 乱用药无差别灭杀了有益菌。很多人一有点头疼发炎就自行吃抗生素，抗生素本身不分“好坏”，只要是细菌都会灭杀。本来稳定的菌群平衡，一顿抗生素下去，有益菌先死了一大片，坏菌只要留下几个耐药的菌株，就能借着没有对手的环境疯狂扩张，不少耐药坏菌还会持续损伤肠道环境，直接把原本平衡的菌群结构搅得天翻地覆。就连不少人常年用来通便的刺激性泻药、网红减肥产品，也会持续损伤肠道黏膜、排挤有益菌，慢慢把菌群环境给搞坏。
3. 长期作息紊乱、压力大拖垮了菌群生存环境。肠道菌群的状态和人体本身的肠道状态、内分泌状态绑定，长期熬夜、持续压力过大，会打乱肠道的正常蠕动节奏，还会改变肠道分泌的黏液、免疫因子水平，这些都是维持有益菌稳定生存的基础。整体环境变得适合有害菌繁殖，有益菌待不下去不断流失，菌群平衡自然就破了，“叛变”也就成了必然。