肠膜炎主要是病原体感染、免疫功能异常、物理化学刺激这三类因素单独或共同作用引起的。
1. 病原体感染是最常见的发病诱因。大部分人发病都是因为吃了被细菌、病毒、寄生虫污染的食物或水，沙门氏菌、轮状病毒、肠道寄生虫这些病原体侵入肠道后，会直接侵蚀肠黏膜引发炎症；还有少部分人是其他部位的感染没控制住，比如感冒、扁桃体发炎后，病原体顺着血液循环或淋巴循环跑到肠膜，也会诱发炎症。
2. 免疫功能异常也是重要的发病原因。本身有克罗恩病、溃疡性结肠炎这类炎症性肠病，或是红斑狼疮这类自身免疫病的人，免疫系统会错误攻击自身正常的肠黏膜组织，从而引发炎症；长期吃免疫抑制剂、天生免疫力差或是免疫功能受损的人群，也更容易被病原体侵犯，得肠膜炎的概率比普通人高很多。
3. 物理化学刺激也可能诱发肠膜炎。平时长期吃辛辣、生冷、过烫的刺激性食物，或是长期吃对肠道有刺激的药物、误服腐蚀性的化学物质，都会反复损伤肠黏膜，慢慢引发炎症；另外腹部受外伤、做过肠道手术、接受过腹部放疗，或是长期便秘导致干硬的粪块反复摩擦刺激肠黏膜，也会诱发肠膜出现炎症反应。