水果萝卜发苦主要是品种不纯、种植管理不当、储存不当三个原因造成的。
1 品种本身出了问题。很多人种水果萝卜喜欢自己留种，或是买到了混杂其他品种的便宜种子，水果萝卜本身是专门选育出来降低苦味含量的，如果品种不纯，混入普通萝卜或是原生萝卜的基因，就会合成更多带苦味的生物碱，吃起来自然发苦。还有不少不良商家会拿普通小萝卜冒充水果萝卜卖，本身就自带苦味。
2 种植过程管理不当。水果萝卜生长期如果遇上连续高温干旱，或是施肥时氮肥用太多、磷钾肥跟不上，就会让萝卜积累大量芥子油这类带苦味的物质，不光发苦，口感还会发柴。如果同一块土地连年种萝卜，也就是连茬种植，土壤里的苦味物质残留多，长出来的萝卜也容易发苦。另外被病虫害啃咬过的萝卜，会在伤口位置生成苦味物质自我保护，受伤部位吃起来也会发苦。
3 储存不当导致变质变苦。水果萝卜收获后如果放的时间太长，或是储存环境温度高、不通风，很容易出现发芽、糠心甚至变质的情况，萝卜本身带的甜味糖分慢慢被消耗，苦味物质就凸显了出来，如果已经发霉变质，不仅发苦还带有毒素，这种就不能再吃了。