玉米馒头和白面馒头是原料、外观、口感、营养都有明显区别的两种主食，核心差异来自制作主料的不同。
1、原料和外观不同。白面馒头基本以小麦磨出的白面粉为唯一主料，成品多是均匀的奶白色，面皮和内部组织都比较细腻，气孔小且均匀。玉米馒头一般需要混合一定比例的白面才能发酵成型，玉米粉占比不等，成品大多偏黄棕色，表面和内部组织都更粗糙，玉米粉加得多的还能看到明显的玉米小颗粒。
2、口感和风味不同。发得好的白面馒头咬起来松软有弹性，嚼起来能吃出淡淡的小麦清香味，整体口感绵密不刮口。玉米馒头因为添加了玉米粉，口感更偏扎实，带明显的颗粒感，自带玉米特有的谷物香气，整体甜度比白面馒头更低，放凉之后也比白面馒头更容易变硬。
3、营养和适配人群不同。白面馒头的淀粉更容易被人体消化吸收，升糖速度更快，蛋白质含量也稍高于玉米馒头，但膳食纤维含量很低。玉米馒头保留了更多玉米中的膳食纤维、胡萝卜素等营养，饱腹感更强，升糖速度更慢，更适合需要控糖、日常想要增加膳食纤维摄入的人群；喜欢松软口感，日常做普通主食的话，多数人更偏爱白面馒头。