黑全麦粉保留了整粒小麦的全部结构成分，白面粉仅提取小麦的胚乳部分加工而成，二者在加工方式、营养构成、食用用途上都有明显区别。
1 加工方式和外观不同。黑全麦粉是直接将整粒小麦连皮带胚芽一起研磨成粉，不会去掉外层的麸皮和内侧的胚芽，成品颜色偏深褐，能看到明显的细碎麸皮颗粒；白面粉会提前去掉麸皮和胚芽，只研磨中间质地细腻的胚乳部分，成品颜色白净或乳白，质地均匀细腻，没有粗糙颗粒。
2 营养成分差异很大。黑全麦粉保留了麸皮中的大量膳食纤维、胚芽中的维生素E、B族维生素以及镁、铁等矿物质，升糖指数更低，饱腹感更强；白面粉的主要成分是淀粉，大部分膳食纤维和活性营养都随着麸皮、胚芽被去除，整体营养结构更单一，升糖速度也更快。
3 口感和适用用途不同。黑全麦粉因为麸皮的存在，筋性更低，成品口感偏粗糙扎实，麦香味更浓郁，一般用来制作杂粮欧包、全麦馒头、窝头这类主打健康属性的主食；白面粉根据筋性不同还能分高筋、中筋、低筋，适配性很强，成品口感细腻松软或劲道，适合做大多数面点，不管是馒头包子、面条还是蛋糕饼干都能用。