功能性消化不良的恢复时间因人而异，大部分症状轻微、干预及时的患者2~4周就能恢复，诱因持续存在、病情反复的患者，恢复可能需要3~6个月甚至更久。
1. 恢复速度首先和诱因是否去除直接相关。如果只是短期饮食不规律、一次性吃太多刺激性食物，或是偶尔压力大引发的功能性消化不良，只要及时调整饮食、舒缓情绪，去除诱因后1~2周就能缓解不适。如果一直保持暴饮暴食、吸烟喝酒、长期熬夜的坏习惯，或是持续处于焦虑紧张的状态，诱因一直存在，症状就会反复出现，恢复时间自然会拉长。
2. 干预是否规范也会影响恢复周期。确诊后遵医嘱对症用药，比如腹胀明显用促胃动力药、反酸明显用抑酸药，同时配合生活方式调整，多数人2~4周就能基本控制住症状，逐步恢复正常。如果不听从医嘱，自行停药乱用药，或是不改变不良的饮食生活习惯，会导致病情迁延，好几个月都没法稳定缓解。
3. 慢性功能性消化不良的调理周期更长。本身胃肠敏感度高、长期有情绪问题或睡眠障碍的人群，很容易发展成慢性反复发作的功能性消化不良，这类患者想要症状完全稳定，往往需要3~6个月甚至更久的调理，部分患者还需要辅助情绪调节、心理疏导才能改善。这种情况不用强求***“断根”，只要规范调理把症状控制住，就不会影响正常生活。