急性肠胃炎的发作时间不一定固定，但可能在凌晨发作的原因有：
1. 夜间胃肠道的生理活动减缓：夜间睡眠时，胃肠道活动减弱，可能使炎症症状更显著。
2. 增加的饮食刺激：夜间进食或过量摄取刺激性食物（如辛辣、油腻食物）可能导致炎症反应增强。
3. 生物钟的影响：人体内部的生物钟可能会影响胃肠道功能，导致炎症在凌晨时段发作。
4. 紧张和焦虑的影响：夜间睡眠时，人们可能会感到压力、焦虑，这可能引发或加重急性肠胃炎的症状。
以上只是一些可能的原因，具体原因需要根据个体情况进行综合分析和诊断。如果您有持续或严重的急性肠胃炎症状，建议咨询医生以获取专业建议和治疗指导。