生咸鸭蛋黄根据存放时长不同，可选择常温、冷藏或冷冻保存，处理得当能放1个月到半年不等。
1、短期冷藏保存（1-2周内使用）。先把生咸鸭蛋黄表面附着的碎盐和杂质轻轻冲掉，用厨房纸把表面水分***吸干，避免残留水分滋生细菌，之后装入干净的密封保鲜盒，盖紧盖子放进冰箱冷藏室，能保存10天左右风味不变。
2、长期冷冻保存（超过2周不用）。同样先冲洗吸干水分，接着把生咸鸭蛋黄逐个分开摆放在铺了油纸的烤盘或冰格中，注意不要互相挤压粘连，先放入冷冻室冻2-3小时至蛋黄完全变硬，之后取出倒进密封保鲜袋，挤掉袋内多余空气后扎紧袋口，重新放回冷冻室保存，能放3-6个月，用的时候提前拿出来放冷藏室解冻就行，不流油也不变味。
3、未拆封真空包装生咸蛋黄保存。市面上买的现成真空包装生咸鸭蛋黄，只要包装没破、没涨袋，直接放在阴凉干燥避光的常温环境存放就能，保质期一般都能达到3-6个月，开封后剩下没使用的，再按前两种方法分类保存即可。