营养不吸收本质上大多是消化系统功能异常、不良饮食习惯破坏消化过程，或是肠道微环境紊乱这几类原因造成的。
1，消化系统本身存在功能或结构异常。比如慢性胃炎、慢性肠炎、慢性胰腺炎这类常见慢性病，会导致消化液、消化酶分泌不足，没法把食物里的大分子营养（比如蛋白质、脂肪）分解成能被肠道吸收的小分子；还有部分人存在胃动力不足或者肠胃蠕动过快的问题，食物没完成消化就被排出体外，自然留不下营养。
2，长期不良饮食习惯打乱消化节奏。不少人吃饭狼吞虎咽，食物没经过充分咀嚼就进入肠胃，直接加重消化负担，导致营养分解不充分；还有人常年吃高油高糖重口食物、顿顿吃撑，或者节食减肥后突然暴饮暴食，都会让肠胃长期超负荷运转，慢慢出现消化能力下降，营养吸收效率也就跟着降低了。
3，肠道菌群失衡破坏吸收环境。肠道里的有益菌不仅会辅助分解食物，还能维护肠道黏膜的正常结构，如果长期滥用抗生素、经常熬夜、饮食上全是精加工食品很少碰粗杂粮蔬果，就会导致有益菌大量减少，有害菌过度繁殖，不仅会损伤肠道黏膜，还会打乱肠道代谢，就算营养分解完成，也没法正常透过肠壁进入血液循环，最终只能被排出体外。