大多数人按正常量吃合格的乳酸菌产品，不会出现胃不舒服的情况，只有少数特殊情况才会引发胃部不适。
1. 本身肠胃状态特殊的人群更容易出现不适。比如本身有乳糖不耐受，多数乳酸菌产品是以牛乳为基底，残留的乳糖进入体内后，会引发腹胀、反酸等胃部不适；本身患有胃炎、胃溃疡或者胃酸分泌偏多的人，吃了冰乳酸菌或者过量食用，会刺激胃酸分泌更多，很容易加重胃部不适感。
2. 食用方式不对也会引发胃部不舒服。比如空腹大量吃乳酸菌，乳酸菌会刺激胃酸过量分泌，腐蚀胃黏膜引发反酸、胃疼；一次性吃太多乳酸菌产品，肠道蠕动短时间内异常加快，也会牵拉胃部引发不适感，很多人一次喝一大瓶冰乳酸菌之后胃胀胃疼，就是这个原因。
3. 产品本身有问题也会导致胃部不适。如果乳酸菌产品已经过期变质，或是没有按要求冷藏导致活菌大量死亡、产品腐坏，吃了之后会引发肠胃炎症，出现胃痛、腹泻等问题；还有不少高糖的乳酸菌风味饮料，过量饮用后大量糖分也会刺激胃酸分泌，容易引发胃部发酸发胀。