多宝鱼和比目鱼不一样，二者属于包含关系，多宝鱼是比目鱼中的一个特定品种，并不是同一个概念。
1. 从分类范畴来看，比目鱼是对整个鲽形目鱼类的统称，包含了鲆科、鲽科、鳎科等多个类群的上百种鱼类，我们常吃的偏口鱼、龙利鱼其实都属于比目鱼的范畴，而多宝鱼只是其中菱鲆科菱鲆属的一个具体物种，覆盖范围远小于比目鱼整体。
2. 外形特征有明显区别，多宝鱼的身体整体近似正圆形，扁平程度更高，皮下胶质丰富，身体表面的斑点细小均匀，而多数常见的其他比目鱼身体偏长椭圆形，不少品种的斑点更大、纹路更特殊，整体轮廓一眼就能看出差异。
3. 产地和用途场景不同，多宝鱼原本是大西洋东北部的特有物种，上世纪90年代才引入我国人工养殖，目前市面上的多宝鱼基本都是专门养殖的食用鱼；而比目鱼覆盖了全球温带的大部分近海海域，既有野生捕捞的品种，也有养殖品种，除了食用外，还有一些小众品种会作为观赏鱼开发。