整体来看，本草银耳是优化培育的银耳新品种，不管是营养含量、出胶效率还是食用体验，都比普通银耳更优，种植加工的标准也比普通银耳更高。
1. 培育方式不一样。本草银耳是人工选育的优质银耳菌种，培育的时候大多用混了红枣、莲瓣的营养基代替传统的棉籽壳，多是层架式立体管控培育，生长过程的温湿度、除菌都把控得比较严；普通银耳多是传统原生菌种，用常规的棉籽壳、甘蔗渣做培育基，大多是露天或大棚地面栽培，管理相对粗放。
2. 出胶效率和营养密度不一样。本草银耳的银耳多糖、可溶性膳食纤维含量比普通银耳高出不少，而且胶质结构更松散易析出，不管是炖还是用保温杯焖，10到20分钟就能出满满一锅胶；普通银耳一般需要小火慢炖半小时以上才会出胶，出胶量也远不如本草银耳。
3. 食用体验和加工处理不一样。市售的本草银耳大多已经提前去除了硬根杂质，很多还做了破壁处理，泡发只需要十几分钟，煮好后入口绵细糯润，完全没有硬渣；普通银耳一般是整朵烘干售卖，买回来需要自己剪掉硬根部，泡发要一两个小时，煮好后口感偏脆韧，靠近根部的位置容易有偏硬的渣感。